学校法人の不動産売却にかかる税金は？課税の区分と手元に残る資金の確認方法を解説

学校法人が所有する土地や校舎を売却するときは、学校法人の資産という理由だけで、すべての税金がかからないとは判断できません。教育研究活動に使っていた資産か、外部賃貸などの収益事業に属する資産かによって、法人税の扱いが変わります。また、法人税の対象にならない売却でも、建物の譲渡にかかる消費税は別に確認する必要があります。

登記簿、賃貸借契約書、固定資産台帳、過去の利用状況を照合すると、空き教室の貸出しや敷地の一部利用など、査定だけでは把握できない事実が見つかることがあります。売却方針を決める前に、用途・契約・費用の記録を整理することが大切です。

この記事では、収益事業の判定、固定資産の処分損益、みなし寄付金、消費税、公共事業に伴う補償金を整理します。不動産売却価格から税金や付随費用を差し引き、教育研究活動に使える資金を見通すための確認方法を説明します。

教育研究活動に使っていた不動産の扱い

学校統廃合やキャンパス再編により、使わなくなったグラウンドや教職員宿舎の売却を検討するときは、売却代金にかかる税金も資金計画に含めます。

学校法人が不動産を売却した際、税金が一切かからないとは限りません。過去の利用履歴、収益事業への区分、建物の有無、消費税の計算、収益事業会計と学校会計の資金移動、所轄庁への手続きなど、複数の論点が同時に関わります。まずは、法人税における基本的な課税の境界線を確認していきましょう。

学校法人は、法人税の計算上「公益法人等」として扱われます。そのため、株式会社などの普通法人とは異なり、原則として、法令で定められた収益事業から生じる所得に対して法人税が課される仕組みです。

校舎、運動場、学生寮など、教育研究活動という本来事業に直接使われていた不動産を売却した場合は、通常、その売却による利益は収益事業の所得には含まれず、法人税の課税対象にならないと考えられます。

項目	一般企業（普通法人）	学校法人（公益法人等）
設立の主な目的	営利活動・事業利益の獲得	教育研究活動の実施
法人税の課税対象	原則としてすべての所得	原則として収益事業から生じる所得
本来事業用不動産の売却	売却益が課税所得に含まれる	原則として収益事業所得に含まれない

教育活動に使っていた土地や建物の売却資金は、校舎の建替え、教育設備の更新、運転資金の確保などに充てられる場合があります。このような学校法人の公共性を踏まえ、収益事業以外の所得には法人税を課さない仕組みが設けられています。

ただし、「学校法人名義であること」と「税務上、非課税となること」は同じ意味ではありません。実務では、売却対象の不動産が、いつ・どの区画を・どのような目的で使っていたのかを確認する必要があります。

最初に作る資料は、物件ごとの用途一覧です。土地と建物を分け、校舎、運動場、宿舎、賃貸区画、駐車場などの利用内容を書き出します。同じ敷地にあるから同じ扱いになるとは限らないため、契約や管理単位も併記すると確認しやすくなります。学校会計の財産目録と収益事業の帳簿で名称が違う場合は、対応関係を明らかにしておきます。

外部賃貸や駐車場利用と収益事業の判定

学校法人が保有する不動産であっても、その利用実態によっては収益事業に該当します。法人税法施行令第5条では、収益事業として34業種が定められており、不動産に関係するものとしては、不動産貸付業や駐車場業などが代表的です。

不動産が絡む主な判定例は、次のとおりです。

• 旧教職員宿舎を、一般の社会人や世帯向けに賃貸していた

• 空いた校舎の一部を、民間企業の事務所や学習塾へ有償で貸していた

• 遊休地を、コインパーキング事業者へ貸していた

• 一般利用者向けの駐車場として時間貸ししていた

• 学外の一般客を対象に、宿泊施設・研修施設・セミナーハウスを運営していた

ここで注意したいのは、「一時的な活用だから問題ない」と決めつけないことです。たとえば、学生数の減少で空いた教職員宿舎の一部を外部賃貸に回した場合は、法人側にとっては空室対策であっても、税務上は不動産貸付業として整理が必要になる場合があります。

売却前に確認すべきなのは、登記簿や固定資産台帳だけではありません。過去の賃貸借契約書、請求書、入金履歴、学校案内、施設利用規程、理事会議事録まで確認して、利用の実態を整理することが重要です。

賃料収入があるかどうかだけで、すべての判断が完了するわけではありません。利用者、契約内容、継続性、提供していた設備なども確認します。外部利用があった事実を伏せたり、売却直前に名称だけを教育用へ変えたりせず、当時の記録を基に説明することが大切です。使途が不明な期間は、確認できた期間と区別して資料に残します。

売却価格と手元に残る資金の違い

学校法人の不動産売却では、売却価格そのものよりも、「手残りはいくらか」という数字が理事会や評議員会で重要になります。

ところが、「学校法人名義の不動産だから法人税はゼロ」と考えたまま資金計画を作ると、後になって計画が崩れることがあります。収益事業用の部分が含まれていた場合、売却益の一部または全部について法人税等の検討が必要になるためです。

また、法人税だけでは終わりません。建物にかかる消費税、アスベスト調査・除去費、解体費、測量費、土壌汚染調査費、仲介手数料、登記費用などを差し引くと、売却価格と最終的な資金残高には大きな差が出ます。

理事会で「売却代金の全額を次の校舎整備に使える」と説明した後で、「実際には税金や工事費を控除すると大幅に不足する」となると、財務担当者の説明責任が重くなります。

そのため、売却方針を正式に決める前に、次の項目を並べた手残り試算を作ることをおすすめします。

1. 想定売却価格

2. 解体・アスベスト・測量・境界確定・土壌調査の概算費用

3. 法人税・消費税・みなし寄付金などを考慮した税務試算

4. 仲介手数料、登記費用、明渡し費用などの売却付随費用

売却益と売却代金も区別が必要です。売却代金は買主から受け取る対価であり、売却益は帳簿価額や売却に伴う費用などを踏まえて計算する損益です。帳簿価額は、資産取得時の金額と常に一致するとは限りません。特に建物は減価償却の影響があるため、古い購入契約書だけでなく、売却時点に対応する資産台帳を確認します。

さらに、借入金の返済は現金残高を減らしますが、返済元本をそのまま売却益から差し引く費用として扱うことはできません。現金の増減を示す資金繰り表と、税額計算の基礎となる損益の試算表を分けて作れば、利益が出ているのに自由に使える現金が少ない理由を説明しやすくなります。

長期保有資産の処分損益と適用条件

学校法人が収益事業に使っていた不動産を売却する場合、売却益は原則として収益事業に係る損益に含まれます。ただし、法人税基本通達15-2-10には、一定の場合に、その処分損益を収益事業の損益に含めないことができる取扱いがあります。

この取扱いを正しく理解しておくと、収益事業用の資産であっても、売却益の課税関係が変わる可能性があります。ただし、形式的に「10年保有していたから非課税」と判断できるものではなく、資産の保有経緯、開発行為の有無、同一年度に処分するほかの固定資産、区分経理の状況などを含めて判断する必要があります。

法人税基本通達15-2-10では、公益法人等が収益事業に属する固定資産を処分した場合、原則としてその処分損益は収益事業に係る損益になるとされています。

一方で、相当期間にわたり固定資産として保有していた土地・建物・構築物を譲渡した場合などには、処分損益を収益事業の損益に含めないことができます。

「相当期間」に当たるかどうかは、単に一定の年数を超えたかだけで判断せず、取得目的や保有実態と併せて確認します。土地の造成などにより付加した価値に対応する損益には別の検討が必要です。長期保有を理由に売却益のすべてを除外できるとは限りません。

区分	主な確認事項	税務上の考え方
比較的短い保有期間	取得目的、造成・開発の有無、売却までの経緯	収益事業の損益に含まれる可能性を慎重に確認
相当期間の固定資産保有	長期保有の記録、固定資産台帳、賃貸実績、保有目的	通達15-2-10の適用を検討できる可能性
収益事業の廃止に伴う処分	廃止の決定時期、事業実態、資産との関係	処分損益を収益事業損益に含めない取扱いを検討

処分損益を収益事業の損益に含めない扱いは、利益が出る資産だけに都合よく適用するという考え方ではありません。同一事業年度に複数の固定資産を処分するときは、他の資産の売却や除却も含めて対象を確認します。土地の売却だけを一覧に載せ、付属建物や設備の除却を見落とすことがないようにします。

収益事業の廃止に伴う処分についても、売買契約の名称だけで判断せず、どの事業をいつ終了し、どの資産がその事業に属していたかを整理します。入居者の退去後に空室になったという事実と、収益事業そのものを廃止したという事実は区別して確認する必要があります。

保有目的や売却経緯を説明する資料

法人税基本通達15-2-10の適用を検討する場合、単に「長く持っていた」と説明するだけでは十分とはいえません。資産をどのように保有し、どのような目的で売却することになったのかを、客観的な資料で説明できる状態にしておくことが重要です。

準備しておきたい主な資料は、次のとおりです。

• 保有期間を確認できる固定資産台帳、減価償却計算書

• 取得時の契約書、登記事項証明書、取得経緯が分かる資料

• 賃貸借契約書、更新契約書、賃料収入の帳簿、入金記録

• 理事会・評議員会の議事録

• 売却理由を示す資料。学生数の変化、施設の老朽化、耐震性、統廃合、教育環境の再編計画など

• 造成、分筆、用途変更、建築、解体などを行った場合の工事資料

• 同一事業年度に処分する固定資産の一覧

現場では、売却契約の直前になってから「実は隣接地も一緒に売却する」「建物を解体して更地渡しに変更する」といった話が出ることがあります。しかし、同じ事業年度に複数の固定資産を処分する場合には、処分損益の取扱いを一体で確認する必要があるため、契約条件の変更が税務判断にも影響します。

税務の検討は、売買契約書の案ができた段階ではなく、買い手の募集方法や売却条件を決める前から始めるのが安全です。

資料を整理する際は、図面上に区画を記し、貸出しを始めた時期、利用が終わった時期、契約書の保存場所を関連付けます。空白期間を推測で埋めず、施設管理担当や会計担当への照会事項として残すと、税務判断の前提がはっきりします。計算に使った面積と測量資料の面積が異なる場合は、その理由も記録しておきます。

用途が混在する建物と区分経理

元学生寮、元教職員宿舎、旧校舎などは、長期間にわたり用途が変わっていることがあります。

たとえば、建物の一部を外部へ有償で貸し、他の部分を学生寮として使っていた場合は、専用部分と共用部分を分けて整理します。売却時に全館が空室であっても、それまでの利用実態や帳簿上の区分の確認は必要です。

このような複合用途の物件では、次のような基準を用いて、合理的な按分を検討します。

• 床面積割合

• 使用期間割合

• 各階・各室の利用履歴

• 賃料収入の発生状況

• 固定資産台帳や区分経理の状況

• 共用部分の利用実態

用途が混在する資産は、専用区画が明確な場合と、同じ場所を共同で使っていた場合を分けて検討します。床面積や使用期間は実態を把握する資料になりますが、売却益をその比率で機械的に分ければよいとは限りません。共用資産の区分経理や費用配賦には、それぞれの扱いがあるためです。

みなし寄付金の仕組みと損金算入の考え方

収益事業に係る所得が発生する場合でも、学校法人が収益事業から本来事業へ資金を支出するときには、法人税法上の「みなし寄付金」の制度を検討できることがあります。

みなし寄付金は、収益事業に属する資産から、本来事業のために支出した金額を、収益事業に係る寄付金として扱う仕組みです。学校法人にとっては、収益事業で得た利益を教育研究活動へ充てる場合に、税務上の損金算入を検討できる重要な制度です。

ただし、資金を帳簿上で動かしたように見せるだけでは足りません。実際の支出、区分経理、意思決定の記録や使途を整理することが重要です。

学校法人のみなし寄付金は、原則として、収益事業に属する資産から本来事業のために支出した金額について認められます。

みなし寄付金の損金算入には限度額があります。学校法人では所得金額の一定割合などを基に計算しますが、繰入額の全額を無条件に損金にできるわけではありません。売却益だけでなく、収益事業全体の所得や他の寄付金の状況を含め、限度額と支出額を照合する必要があります。

ここで重要なのは、「利益が出たから年度末に学校会計へ振り替える」という順番ではなく、売却前から資金使途を決めることです。たとえば、校舎の耐震改修、ICT設備の更新、教育用什器の導入、学生支援施設の整備など、売却資金を何に使うのかを具体化しておくと、資金移動の必要性を説明しやすくなります。

みなし寄付金は、売却代金が学校法人全体に入れば自動的に適用されるものではありません。収益事業に属する資産から本来事業のために支出したといえるかが出発点です。法人税の対象とならない教育用資産の売却収入と、収益事業の利益を同じ資金として扱わず、資金の出所を把握できるようにします。

売却代金の受領と支出時期の確認

みなし寄付金では、決済日と支出時期の管理が欠かせません。

「事業年度をまたいだら一切使えない」と一律にはいえませんが、売却代金の入金、収益事業会計から学校会計への繰入れ、教育研究活動への支出、理事会等の決議が別年度にずれると、当初想定した年度の損金算入が難しくなることがあります。

• 売買契約の締結予定日

• 所轄庁との協議、理事会、評議員会の開催日

• 買主の融資承認・建築確認・開発許可の見込み

• 残代金決済日と所有権移転日

• 収益事業会計から学校会計への繰入れ日

• 本来事業での支出内容と支出予定日

• 税理士・会計士による申告書別表の確認時期

特に注意が必要なのは、年度末の最終営業日に決済を設定するケースです。銀行手続き、送金承認、事務局の稟議、会計処理、関係者の押印などが重なるため、決済自体が完了しても、その後の会計処理が十分にできないことがあります。

売却代金の受領日を年度末に置く必要がある場合でも、資金移動と議事録作成の工程を事前に確認し、余裕を持った決済日を設定することが大切です。

学校会計へ繰り入れる金額を決めるときは、収益事業側に残る納税資金、取引費用、未払金も確認します。利益に相当する金額をすべて移した後に納税資金が足りなくなると、再び資金を戻す必要が生じます。税務上の効果だけを先に計算するのではなく、支払いを終えた後の残高まで見通すことが必要です。

なお、本来事業の外部業者への支払いが、繰入れと同じ事業年度に完了していないという理由だけで、一律に適用できないと判断することも避けます。どの時点で本来事業のための実質的な支出が成立しているかを、区分経理や取引の内容に照らして確認します。単なる資金の往復や名目だけの振替とは分けて検討します。

学校法人会計と法人税申告の照合

みなし寄付金を活用するには、学校法人会計と法人税申告の整合性が重要です。

学校法人会計では、収益事業会計から学校会計への繰入れを適切な科目で処理します。一方、法人税申告では、みなし寄付金として損金算入する金額を別表で調整し、限度額計算の根拠を示します。

実務で確認したいポイントは、次のとおりです。

• 収益事業会計で売却益・費用・法人税等を適切に計上しているか

• 学校会計への繰入額と、法人税申告上のみなし寄付金額との差異を説明できるか

• 資金移動が銀行記録で確認できるか

• 理事会等で資金使途が承認されているか

• 本来事業における支出内容が明確か

• 申告書別表と会計帳簿の説明が一致しているか

繰入れに関する資料には、対象となる会計、金額の算定方法、承認記録、振替や送金の記録をまとめます。本来事業で予定する設備更新などの使途資料も関連付けておけば、会計担当者が交代した場合にも経緯を引き継ぎやすくなります。会計上の振替と、税務上の損金算入限度額が異なるときは、差額の理由を明示します。

土地と建物の消費税を分けて考える

学校法人の不動産売却では、法人税に目が向きやすい一方、消費税の影響を見落とすことがあります。

土地は消費税が非課税です。しかし、建物、附属設備、構築物などの売却は、原則として課税取引です。また、土地の高額売却は、課税売上割合に影響し、同じ年度に実施する大規模修繕や建設工事の仕入税額控除にも影響する場合があります。

不動産売買における消費税の取り扱いは、売却対象が土地か建物かによって異なります。

対象資産	消費税の区分	主な考え方
土地・借地権	非課税取引	土地の譲渡は非課税取引に該当
建物	課税取引	事業用資産の譲渡に当たるため
建物附属設備・構築物	課税取引	建物と同様に課税対象となる場合がある
駐車場設備・舗装・看板等	内容により判断	設備・構築物として課税対象になり得る

売買契約書で土地価格と建物価格の内訳を曖昧にすると、消費税の計算に影響します。買主にとっては建物価格が高いほど仕入税額控除の検討余地が生まれる場合がありますが、売主である学校法人にとっては消費税の納税額に影響する可能性があります。

そのため、土地・建物の価格配分は、固定資産税評価額、鑑定評価、再調達原価、簿価、建物の利用可能性、解体予定などを踏まえ、合理的な根拠を持って設定することが必要です。

建物の売却が課税取引に当たることと、実際に学校法人に消費税の納税義務があることは、別の確認事項です。まず課税事業者か免税事業者かを確認し、課税事業者であれば採用している計算方式を確認します。法人税で収益事業以外と整理した資産でも、消費税の判断をそのまま省くことはできません。

土地と建物を一括して売る場合は、代金の配分根拠を契約交渉の段階で整理します。単に建物が古いという理由で価格をなくしたり、当事者に有利な税額になるよう配分したりせず、資産の状態や評価資料との対応を説明できるようにします。契約書、請求書、会計処理に同じ内訳を使えるかも確認します。

課税売上割合と仕入税額控除への影響

消費税の課税売上割合は、原則として、総売上高のうち、課税売上高と輸出免税売上高が占める割合として計算します。

土地の売却は非課税売上に当たるため、高額な土地を売却すると分母だけが大きくなり、課税売上割合が下がることがあります。

課税売上割合の分子には課税売上高と輸出免税売上高を含め、分母にはこれらと非課税売上高を含めます。対価性のない寄付金などは、売上高とは分けて整理します。

個別対応方式で仕入税額控除を計算している場合、課税売上と非課税売上に共通して対応する経費については、課税売上割合が控除額に影響します。

土地売却と同じ課税期間に、設備更新、設計監理、共通管理費などが発生するときは、それぞれの費用がどの売上に対応するかを確認します。教育に使う校舎の改修費だから必ず共通対応分となるわけではありません。非課税売上にのみ対応する支出と、課税・非課税の双方に共通する支出では、控除の計算が異なります。

ただし、不動産売却と施設投資を同じ年度に行う場合は、税理士へ「土地売却を入れた場合と入れない場合」の2パターン以上で試算を依頼する価値があります。

個別対応方式では、課税売上にのみ対応する仕入れ、非課税売上にのみ対応する仕入れ、双方に共通する仕入れを区分します。一括比例配分方式では計算の考え方が異なるため、土地売却の影響も同じにはなりません。簡易課税を採用している場合は、実際の仕入税額を基にする方式と分けて試算します。

また、寄付金など対価性のない収入は、土地売却による非課税売上とは異なります。学校法人では、特定収入に関する仕入控除税額の調整が必要になる場合があります。課税売上割合だけで工事費の控除額を決めず、その工事をどの収入で賄うかも含めて確認します。

引渡し時期と課税売上割合に準ずる割合

消費税の検討では、売買契約日よりも、原則として資産の引渡し日が重要になります。

そのため、校舎改修工事の検収時期、土地の決済・引渡し時期、学校法人の事業年度、消費税の計算方式を並べて確認しなければなりません。

たとえば、次のような検討が必要になることがあります。

• 第1期：校舎改修工事を完了させ、仕入税額控除の影響を確認する

• 第2期：土地の引渡しを行い、高額な非課税売上を計上する

• 各年度：課税売上割合、共通対応仕入、個別対応仕入を試算する

ただし、引渡し時期を税務だけを理由に不自然に調整すると、買主の融資、建築確認、開発許可、仮移転、学校運営に支障が出ることがあります。実際には、税務上の効果だけでなく、買主の事業計画、所轄庁手続き、在校生への影響、工事工程を含めて判断する必要があります。

また、事業実態をより適切に反映する場合には、課税売上割合に準ずる割合の承認申請を検討できることもあります。適用可否や申請時期には専門的な判断が必要なため、必ず税理士等へ相談してください。

年度を分ける試算では、売却する年度の納税額だけを比較せず、工事を行う年度とその後の資金繰りを並べます。課税売上割合に準ずる割合は、個別対応方式の共通対応分について検討するものであり、どの計算方式でも自由に使えるわけではありません。承認が必要な手続きであるため、売却後の申告作業だけで対応できると考えないことが大切です。

公共事業に伴う売却と補償金の区分

道路拡幅などの公共事業により土地や建物を譲渡する場合も、まず対象資産が本来事業用か収益事業用かを整理します。収益事業に関係する譲渡であれば、通常の売却と同様に処分損益を確認した上で、収用等に関する課税の特例を検討します。公共事業のための売却という理由だけで、補償金の全額が非課税になるとは限りません。

法人についても、要件を満たす場合は、代替資産の取得に伴う圧縮記帳や、所得の特別控除を検討できることがあります。圧縮記帳は、受領した補償金を単純に非課税にする説明とは異なり、取得する資産の帳簿価額や将来の損益にも関係します。教育用施設への再投資を予定していても、自動的に適用されるとは考えないことが重要です。

補償金は、土地・建物の対価、設備の移転、事業中断による損失の補填など、内訳を確認します。契約書の名称だけで一括処理せず、何に対応する金銭か、実際にどの支出へ充てるかを整理します。補償説明書、内訳明細、代替施設の取得資料を関連付け、法人税と消費税の双方で確認すると、入金後の処理を進めやすくなります。

引渡し条件と費用負担をそろえた比較

買主からの提示価格を比べるときは、建物付きの引渡しか、更地での引渡しかをそろえて確認します。解体、測量、残置物撤去などの負担が異なると、提示価格が高くても手元に残る資金が多いとは限りません。見積書に含まれる作業範囲と、追加費用が発生する条件を確認します。

まだ見積もりを取っていない費用は、確定した支出と混ぜず、概算や未確定項目として表示します。税金についても、収益事業区分や代金配分を仮定した試算なのか、資料確認を終えた試算なのかを区別します。前提が変わった場合にどの金額を更新するかが分かれば、理事会へ示す資金計画も修正しやすくなります。

売却後に使える資金の試算には、納税資金、借入金の返済、未払費用、引渡し後に予定される支払いを反映します。入金直後の口座残高をそのまま施設整備の予算にせず、後から支出する資金を取り分けて考えることが大切です。

担当者間で共有する工程と保管資料

売却の工程表には、資料調査、価格査定、内部検討、買主との条件調整、契約、決済・引渡し、会計処理、税務申告の流れを記載します。各工程に担当者と確認事項を付け、税務上の前提に関わる変更があれば、会計担当にも共有します。

• 用途一覧、契約書、入金記録、固定資産台帳をそろえる

• 収益事業区分と土地・建物の代金配分を確認する

• 税金、付随費用、返済額を資金計画に反映する

• 決済後の帳簿処理と申告用資料の保管担当を決める

決済時には、売買代金の入金、諸費用の精算、資産台帳の更新に使う資料を確認します。契約後に代金や引渡し条件が変更された場合は、古い試算だけが残らないよう、変更内容を記録します。不動産担当と会計担当が同じ最終版を参照できる状態にしておくと、申告時に数字の食い違いを確認する負担を減らせます。

著者情報と記事の背景

著者 - 株式会社トップトラスト編集部

本記事は、株式会社トップトラストが東京都心を中心に取り組んできた不動産売買、賃貸管理、顧客対応の実務で得た知見をもとに執筆しています。

資産売却の検討で伝えたいこと

学校法人が所有する資産の処分では、「公益目的の資産だから税金は発生しない」という認識が先行し、利用履歴や収益事業の区分、消費税、会計処理の確認が後回しになることがあります。

私自身、旧施設の売却検討において、当初は教育用途の資産として整理されていたものの、過去の契約書や入金記録を確認すると、建物の一部が外部団体に有償で貸し出されていたことが分かった経験があります。売却の方向性を決める前に資料を確認していれば、より早く税務上の論点を整理できたと感じた事例でした。

また、売却価格だけに注目すると、解体費、測量費、アスベスト対応、消費税、法人税等を差し引いた後の資金が見えにくくなります。学校法人にとって本当に重要なのは、売却代金の額面ではなく、教育研究活動や次の施設整備に使える最終的な資金を、理事会・評議員会・事務局が同じ前提で把握することだと考えています。

学校法人が大切な教育財産を適切に整理し、次の世代の教育環境へつなげられるよう、不動産実務の立場から役立つ情報を発信していきます。

会社名・・・株式会社トップトラスト

所在地・・・〒160-0008 東京都新宿区四谷三栄町12番5号ライラック三榮1階

電話番号・・・03-5315-0370